Obec Troubky leží v oblasti úrodné Hané, asi 8 km jihozápadně od města Přerova nedaleko soutoku řeky Bečvy a Moravy. Za obcí se z hlavního ramene Bečvy odděluje tzv. Malá Bečva. Na konci obce, rovnoběžně s Malou Bečvou, vede cesta na Vlkoš nebo do 8 km vzdálené Chropyně a dále do Kroměříže.
Obec sousedí na západě s katastrem obce Lobodice a městem Tovačov, na severu s katastrem Citova, Rokytnice, Dluhonic a Henčlova. Na východě sousedí s katastrem města Přerova a obce Bochoř, na jihu s katastry obcí Záříčí a Uhřičice. V blízkém okolí obce se nacházejí tzv. Skašovská jezera, která jsou využívána k těžbě štěrkopísků a jsou zároveň vodárenským zdrojem.
