Podle pověsti zapsané v obecní kronice byly Troubky založeny kolonisty z původní osady Člunek, která ležela na ostrůvku obtékaném řekou Bečvou. Poněvadž se řeka často rozvodňovala, rozhodli se prý usídlit výše na břehu. Vedl je prý svobodný pán Trúbek, podle něhož se obec začala nazývat. Dalším hláskoslovným vývojem se pak osobní jméno přetvořilo až do dnešní podoby TROUBKY. Jiný výklad názvu obce ovšem uvádí, že se jednalo o název místa, kde se napájela koňská spřežení obchodních karavan, míst kde se „voda přivádí trubkami“ (obdoba názvu Napajedla).
První písemná zmínka o obci pochází z roku 1348, kdy je uváděn v zemských deskách olomouckých Heralt (Erhard) z Kunštátu, který dal zapsat své manželce na věno 300 hřiven grošů v Troubkách se všemi náležitostmi a s dědinou Člunek.
Do roku 1380 byly Troubky samostatným panstvím s vlastní tvrzí, avšak od tohoto roku se na dlouhá staletí staly součástí tovačovského panství. Historie obce je tak až do roku 1848 spjatá se šlechtickými rody Cimburků, Pernštejnů, Salmů, Petřvaldů a Khűnburgů.
K nejvýznamnějším postavám z řad majitelů tovačovského panství patřil Jan Tovačovský z Cimburka (významný moravský husitský vojevůdce), či jeho syn Ctibor Tovačovský z Cimburka, který zastával po skončení husitských válek funkci moravského zemského hejtmana. Ke známým šlechtickým osobnostem z řad majitelů tovačovského panství patřili také Jan a Vratislav Pernštejnové, přičemž se jménem Vratislava z Pernštejna se pojí pro obec významná událost. V roce 1570 totiž Vratislav z Pernštejna coby nejvyšší kancléř českého království udělil Troubkám vlastní pečeť, která patří k nejstarším vesnickým znakům v celé České republice.
Znak je zlato-stříbrně čtvrcený štít. V prvním poli se nachází černá zubří hlava se zlatými rohy a houžví (rodový znak Pernštejnů), ve druhém a třetím poli pak červená lovecká trubka s červeným řemením a náústky ven (symbol názvu obce), ve čtvrtém poli je zobrazena černá radlice - symbol rolnického charakteru obce.
Od roku 1850 byla vrchnostenská správa nahrazena místní samosprávou, v jejímž čele volený starosta obce. Tuto správu obce přerušilo období let 1948 – 1989, kdy obec byla v podstatě řízena. Podrobněji je historie obce zpracována v publikaci Minulost a přítomnost obce Troubky, která byla vydána v červenci 1998 u příležitosti 650. výročí první písemné zmínky o obci.